Wetenschappers hebben het allereerste ontwerpgenoom van het zeer bedreigde Visayan-gevlekte hert in de Filipijnen in kaart gebracht. De genoom zou een leidraad kunnen vormen voor de inspanningen om het voor uitsterven te behoeden, rapporten bijdrager Pippo Carmona voor Mongabay.
Het Visayan gevlekte hert (Rusa Alfredi) werd ooit gevonden op zes eilanden in de centrale Filipijnen. Maar door ontbossing en jacht is de bevolking gedecimeerd, wat de IUCN, de mondiale autoriteit voor natuurbehoud, ertoe heeft aangezet om het in 1988 als bedreigd te bestempelen. In 2019 hadden de Filippijnse autoriteiten geclassificeerd de soort als nationaal ernstig bedreigd. De laatste telling vanaf 2016 werden slechts ongeveer 700 volwassen individuen geregistreerd, nu alleen te vinden op de eilanden Negros en Panay.
Om de genetische gezondheid van de soort te begrijpen, hebben onderzoekers van de Silliman Universiteit en het Philippine Genome Center Visayas samengewerkt om het DNA in kaart te brengen.
Ze gebruikten een weefselmonster van Abraham, een in gevangenschap levend Visayaans gevlekt hert dat was grootgebracht en stierf in het Centre for Tropical Conservation Studies (CENTROP) van de Silliman University. Het gesequentieerde genoom bevat 2,5 miljard DNA-letters en 24.531 genen. Het is het eerste genoom waarvan de sequentie is bepaald van een van de bedreigde zoogdieren op de Filipijnen.
De onderzoekers ontdekten dat de heterozygositeitsscore van Abraham, een maatstaf voor genetische verschillen, slechts 0,17 was, ver onder de score van 0,3 die kenmerkend is voor gezonde, genetisch diverse wilde populaties. De lage score geeft aan dat zijn ouders genetisch nauw verwant waren.
“Aangezien Abraham uit een populatie in gevangenschap komt, verwachtten we een resultaat met lage heterozygotie”, zegt Albert Noblezada, hoofd van de bio-informaticapijplijn bij het Philippine Genome Center Visayas. Noblezada voegde eraan toe dat decennia van isolatie het mogelijk hebben gemaakt dat inteelt stilletjes ingang vond in de gevangen kolonie.
Desondanks zei bioloog Persie Mark Sienes van de Silliman Universiteit dat hij wilde zien hoeveel genetische diversiteit er nog in de populatie overbleef en of er individuen zijn die genetische variaties in zich dragen die de fokresultaten zouden kunnen verbeteren. Dus scande hij het genoom en identificeerde een genetische marker die kon helpen de genetische gezondheid van de kolonie te herstellen. “We hebben een zeldzaam allel geïdentificeerd dat slechts bij één individu voorkomt, en gelukkig is dit individu nog steeds seksueel actief”, zei hij.
Bioloog Robert Guino-o van de Silliman Universiteit zei dat deze bevinding het bewijs was dat ze nodig hadden om de CENTROP-fokprogramma’s in gevangenschap te vernieuwen. “We streven naar een op het genoom gebaseerd fokprotocol,” zei Guino-o, eraan toevoegend dat dit de oude methode zal vervangen die volledig gebaseerd is op het traceren van stambomen.
De onderzoekers zijn het erover eens dat om de algehele genetische diversiteit te vergroten, de hertenuitwisselingen tussen CENTROP en twee andere faciliteiten voor gevangenschap – Mari-it Wildlife and Conservation Park en Negros Forest Park – moeten worden hervat. De laatste uitwisseling, tussen CENTROP en Negros Forest Park, was in 2007.
De onderzoekers zeiden dat ze hopen het mengen van individuen uit populaties in gevangenschap en wilde populaties te testen om de genetische kloof tussen de twee te dichten. Ze zijn van plan dit te testen in het 300 hectare grote Bayawan-natuurreservaat op Negros, waar 70 herten leven.
Lees het volledige verhaal van Pippo Carmona hier.
Bannerafbeelding: Een Visayan gevlekt hert in het Centre for Tropical Conservation Studies van Silliman University. Afbeelding door Pippo Carmona voor Mongabay.
